菜心种质资源遗传多样性的SCoT分析

Analysis on genetic diversity of Chinese flowering cabbage (Brassica campestris L.ssp.chinensis Var.utilis Tsen et Le) germplasms based on SCoT markers

摘要: 目的利用SCoT标记分析菜心种质资源的遗传多样性,为其分类和利用提供理论依据.方法搜集熟期和株色各异的33份菜心种质资源,利用筛选的12条SCoT引物对其进行遗传多样性分析.结果12条引物从33份菜心共扩增出83条带,引物多态性百分率变化范围为2.63%~57.89%,平均多态性百分率为36.00%;每条引物多态性条带变化范围为4~9条,平均3.4条;扩增片段大小为500~1500 bp.观察等位基因数(Na)为1.065,有效等位基因数(Ne)为1.254,Shannon's信息多样性指数(Ⅰ)为0.217,期望杂合度(He)为0.149,平均Nei's遗传距离为0.428.AMOVA分析发现,81%的变异来源于品种内,19%的变异来源于品种间.聚类分析结果表明,在Nei's遗传距离0.24处可将33份菜心分成两大类,第一类包括14个早熟品种、2个中熟和1个晚熟品种;第二类包括10个中晚熟品种和6个早熟品种.结论SCoT标记的分类结果与熟期分类结果较一致,多数菜心品种可根据熟期和SCoT标记归类;SCoT标记具有操作简单、重复性高、多态性较丰富等优点,可用于菜心遗传多样性研究的初步批量检测.