胡德辉, 焦晓真, 桑洪玉, 邱永福, 李容柏. 2013: 叶蝉EST资源的微卫星信息分析. 南方农业学报, 44(4): 558-561. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.4.558
引用本文: 胡德辉, 焦晓真, 桑洪玉, 邱永福, 李容柏. 2013: 叶蝉EST资源的微卫星信息分析. 南方农业学报, 44(4): 558-561. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.4.558
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HU De-hui, JIAO Xiao-zhen, SANG Hong-yu, QIU Yong-fu, LI Rong-bai. 2013: Analysis of microsatellite information in EST resource of leafhopper. Journal of Southern Agriculture, 44(4): 558-561. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.4.558
Citation: HU De-hui, JIAO Xiao-zhen, SANG Hong-yu, QIU Yong-fu, LI Rong-bai. 2013: Analysis of microsatellite information in EST resource of leafhopper. Journal of Southern Agriculture, 44(4): 558-561. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.4.558
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叶蝉EST资源的微卫星信息分析

Analysis of microsatellite information in EST resource of leafhopper

    摘要
  • 摘要: 目的分析叶蝉EST序列信息,为其分子标记体系建立、遗传图谱构建及相关致害基因挖掘奠定基础.方法利用生物信息学技术对NCBI数据库中的4种叶蝉亚种EST序列进行SSR基序分析与统计,并对筛选出的SSR基序区段进行引物设计,开发出SSR标记.结果11044条叶蝉EST序列的总长为5866kb.按照引物筛选设定的参数,筛选获得1946条含有SSR基序的EST序列,占总EST序列的17.6%;其中包含2230个SSR基序并全部获得相应的SSR引物,平均间距为2.63 kb.在2~5个核苷酸重复中,3个核苷酸重复为优势基序,占总基序的77.3%,尤以AAT类最丰富,占3个核苷酸重复总数的40.7%;双核苷酸重复中,AG类所占的比例最大,为39.1%.结论从叶蝉EST序列中筛选获得2230个SSR引物,以3个核苷酸重复基序所占比重最大.

     

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