利用高通量测序技术分析IHHNV感染凡纳滨对虾的基因差异表达

Analysis on differential gene expression in shrimp Litopenaeus vannamei induced by IHHNV infection using high-throughput sequencing

摘要: 目的研究传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious hypodermal andhematopoietic necrosis virus,IHH-NV)感染凡纳滨对虾的基因差异表达,为进一步了解IHHNV与凡纳滨对虾的相互作用分子机制提供参考.方法采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,测序获得的序列除去接头后用iAssembler软件进行拼接得到unigene(单一基因序列),通过计算各unigene的转录本数目(RPKM)确定差异表达基因,并以实时荧光定量PCR验证基因的差异表达.结果采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,共获得208690条短序列,序列拼接共得到21912条tmigenes;通过对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾的测序数据比较分析,结果发现221个差异表达基因,包括81个上调表达基因和140个下调表达基因.经实时荧光定量PCR验证,454高通量测序数据统计的基因表达差异结果可靠.结论IHHNV感染显著影响凡纳滨对虾免疫相关基因的表达,而利用高通量测序技术可有效检测出这些差异表达基因.