熊良伟, 王帅兵, 岳丽佳, 王建国, 陶桂庆, 徐亮, 王权. 2018: 宽体金线蛭基因组SSR序列特征分析 及其分子标记开发. 南方农业学报, 49(11): 2298-2303. DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2018.11.26
引用本文: 熊良伟, 王帅兵, 岳丽佳, 王建国, 陶桂庆, 徐亮, 王权. 2018: 宽体金线蛭基因组SSR序列特征分析 及其分子标记开发. 南方农业学报, 49(11): 2298-2303. DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2018.11.26
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XIONG Liang-wei, WANG Shuai-bing, YUE Li-jia, WANG Jian-guo, TAO Gui-qing, XU Liang, Wang Quan. 2018: SSR sequence characters for genome of Whitmania pigra Whitman and development of molecular markers. Journal of Southern Agriculture, 49(11): 2298-2303. DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2018.11.26
Citation: XIONG Liang-wei, WANG Shuai-bing, YUE Li-jia, WANG Jian-guo, TAO Gui-qing, XU Liang, Wang Quan. 2018: SSR sequence characters for genome of Whitmania pigra Whitman and development of molecular markers. Journal of Southern Agriculture, 49(11): 2298-2303. DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2018.11.26
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宽体金线蛭基因组SSR序列特征分析 及其分子标记开发

SSR sequence characters for genome of Whitmania pigra Whitman and development of molecular markers

    摘要
  • 摘要: 目的分析宽体金线蛭基因组SSR序列特征,并开发多态性SSR分子标记,为宽体金线蛭种质遗传多样性分析及良种选育等提供有效的分子标记.方法利用基因组de novo测序技术对宽体金线蛭基因组进行扫描,通过序列拼接得到基因组序列,利用Tandem Repeats Finder v4.09查找拼接序列SSR位点,分析SSR序列特征并使用PRIM-ER3 Input(version 2.3.7)设计引物,随机选择三碱基、四碱基和五碱基SSR分子标记引物50对对8份宽体金线蛭DNA样品进行PCR验证,并以多态性SSR分子标记分析宽体金线蛭江苏高邮群体遗传多样性.结果测序拼接共得到148803个scaffolds序列,scaffold序列长度181~564229 bp,平均1544 bp,总长度230 Mb,N50为5948 bp,GC含量36.94%.宽体金线蛭基因组中三碱基重复SSR位点最多,有136890个,占总SSR位点的68.43%;其次为四碱基重复,有33769个,占总SSR位点的16.88%;六碱基、五碱基、二碱基和单碱基重复分别有11813、7110、6546和3907个,占总SSR位点的5.91%、3.55%、3.27%和1.95%.基序为AAT/ATA/TAA/ATT/TTA/TAT的SSR位点数量最多,其次为ATG/TGA/GAT/TAC/ACT/CTA、AGT/GTA/TAG/TCA/CAT/ATC和AAC/ACA/CAA/TTG/TGT/GTT,其他基序位点数量较少.有11871个SSR位点设计出引物,占总SSR位点的5.93%;选择的50对引物中有18对引物在8份宽体金线蛭DNA样品中具有多态性;群体遗传多样性检测发现宽体金线蛭江苏高邮群体18个SSR位点的平均等位基因(Na)3.81个,观测杂合度(HO)为0.0000~0.6429,平均为0.3631,期望杂合度(He)0.0701~0.7792,平均为0.4869,群体遗传多样性水平低.结论采用高通量测序技术开发SSR分子标记效率高,且新开发的18个宽体金线蛭SSR分子标记多态性丰富,可用于宽体金线蛭资源保护和利用.

     

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