用于质谱鉴定蛋白质胶内酶解方法的优化

An optimized method of proteins in-gel digestion for mass spectrometry identification

摘要: 目的提高蛋白质胶内酶解效率,减少萃取过程中肽段的损失,增加质谱鉴定的成功率.方法在常规胶内酶解方法的基础上,优化脱色、酶解、萃取等步骤,包括:用铁氰化钾和硫代硫酸钠对银染胶块脱色,酶解温度提高至55℃,以40 nmol/1碳酸氢铵作为酶切缓冲液,使用50%乙腈(ACN)水溶液3步萃取;并使用一步法胶内酶解探索快速胶内酶解方法.结果使用铁氰化钾和硫代硫酸钠可在短时间内将银染胶块完全脱色,55C温浴可使酶切时间由20 h减少为2h,以40mmol/L碳酸氢铵作为酶切缓冲液,可省去ZipTip脱盐步骤.优化后,质谱鉴定率提高30.0%(绝对值),且能明显高酶切效率,使目标肽段更高丰度地旱现出来.结论优化后的胶内酶解法可显著提高蛋白质胶内酶解的质谱鉴定成功率和肽段覆盖率,其中一步法胶内酶解法有效减少了胶内酶解时间和步骤,可用于高丰度蛋白质的快速质谱检测.