荨麻科植物DNA条形码的筛选

侯新东, 韩大永, 曾莉, 邢婷婷

侯新东, 韩大永, 曾莉, 邢婷婷. 2014: 荨麻科植物DNA条形码的筛选. 南方农业学报, 45(2): 178-183. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2014.2.178
引用本文: 侯新东, 韩大永, 曾莉, 邢婷婷. 2014: 荨麻科植物DNA条形码的筛选. 南方农业学报, 45(2): 178-183. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2014.2.178
HOU Xin-dong, HAN Da-yong, ZENG Li, XING Ting-ting. 2014: Screening potential DNA barcode regions for Urticaceae plants. Journal of Southern Agriculture, 45(2): 178-183. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2014.2.178
Citation: HOU Xin-dong, HAN Da-yong, ZENG Li, XING Ting-ting. 2014: Screening potential DNA barcode regions for Urticaceae plants. Journal of Southern Agriculture, 45(2): 178-183. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2014.2.178

荨麻科植物DNA条形码的筛选

基金项目: 

中国地质大学(武汉)教学实验室开放基金

中央高校基本科研业务费专项资金项目

国家自然科学基金青年科学基金

详细信息
  • 中图分类号: 45-1381/S

Screening potential DNA barcode regions for Urticaceae plants

  • 摘要: [目的]评价不同DNA条形码候选序列对荨麻科植物的鉴别能力,为荨麻科植物鉴定提供参考.[方法]使用ITS、matK、rbcL和psbA-trnH绪列的通用引物对荨麻科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率,分析获得序列的碱基组成及变异,比较种间和种内变异的差异,并对条形码间距进行评估.[结果]psbA-trnh序列在荨麻科植物13个种30个样品中的扩增成功率最高(100.0%).psbA-trnH的有效序列获得率最高,为95.4%,ITS为92.3%,rbcL为90.1%,matK为零.ITS序列种间遗传距离范围为0~0.508,psbA-trnH序列为0~0.522,rbcL序列为0~0.532.ITS序列在种间、种内的差异变异及条形码间距较rbcL与psbA-trnH具有更明显的优势.ITS序列构建的系统发育树中不同物种形成单系分支的百分比最高,其次为psbA-trnH、rbcL序列.聚类结果表明,MP法的聚类效果最好,其次为UPGMA法、ML法,NJ法最不理想.[结论]荨麻科植物种间变异明显大于种内变异,DNA条形码适用于荨麻科植物种水平上的鉴定;3个候选序列中无任何一个序列可完全鉴别出不同种类的荨麻科植物,ITS、rbcL与psbA-trnH可作为鉴别荨麻科植物的DNA条形码序列组合.
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出版历程
  • 刊出日期:  2014-02-27

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