叶蝉EST资源的微卫星信息分析

叶蝉EST资源的微卫星信息分析

胡德辉, 焦晓真, 桑洪玉, 邱永福, 李容柏

文章导航 > 南方农业学报 > 2013 > 44(4) : 558-561. > DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.4.558

胡德辉, 焦晓真, 桑洪玉, 邱永福, 李容柏. 2013: 叶蝉EST资源的微卫星信息分析. 南方农业学报, 44(4): 558-561. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.4.558

引用本文:

胡德辉, 焦晓真, 桑洪玉, 邱永福, 李容柏. 2013: 叶蝉EST资源的微卫星信息分析. 南方农业学报, 44(4): 558-561. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.4.558

HU De-hui, JIAO Xiao-zhen, SANG Hong-yu, QIU Yong-fu, LI Rong-bai. 2013: Analysis of microsatellite information in EST resource of leafhopper. Journal of Southern Agriculture, 44(4): 558-561. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.4.558

Citation:

HU De-hui, JIAO Xiao-zhen, SANG Hong-yu, QIU Yong-fu, LI Rong-bai. 2013: Analysis of microsatellite information in EST resource of leafhopper. Journal of Southern Agriculture, 44(4): 558-561. DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.4.558

叶蝉EST资源的微卫星信息分析

广西民族大学海洋与生物技术学院,南宁,530006
广西大学农学院,亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室,南宁530005
广西民族大学海洋与生物技术学院,南宁530006

基金项目:

广西大学科研基金

详细信息

中图分类号: 45-1381/S
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出版历程
- 刊出日期: 2013-04-29

Analysis of microsatellite information in EST resource of leafhopper

摘要: [目的]分析叶蝉EST序列信息,为其分子标记体系建立、遗传图谱构建及相关致害基因挖掘奠定基础.[方法]利用生物信息学技术对NCBI数据库中的4种叶蝉亚种EST序列进行SSR基序分析与统计,并对筛选出的SSR基序区段进行引物设计,开发出SSR标记.[结果]11044条叶蝉EST序列的总长为5866kb.按照引物筛选设定的参数,筛选获得1946条含有SSR基序的EST序列,占总EST序列的17.6%;其中包含2230个SSR基序并全部获得相应的SSR引物,平均间距为2.63 kb.在2~5个核苷酸重复中,3个核苷酸重复为优势基序,占总基序的77.3%,尤以AAT类最丰富,占3个核苷酸重复总数的40.7%;双核苷酸重复中,AG类所占的比例最大,为39.1%.[结论]从叶蝉EST序列中筛选获得2230个SSR引物,以3个核苷酸重复基序所占比重最大.
- 叶蝉 /
- EST /
- SSR /
- EST-SSR /
- 引物筛选

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