SSR sequence characters for genome of Whitmania pigra Whitman and development of molecular markers
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摘要: [目的]分析宽体金线蛭基因组SSR序列特征,并开发多态性SSR分子标记,为宽体金线蛭种质遗传多样性分析及良种选育等提供有效的分子标记.[方法]利用基因组de novo测序技术对宽体金线蛭基因组进行扫描,通过序列拼接得到基因组序列,利用Tandem Repeats Finder v4.09查找拼接序列SSR位点,分析SSR序列特征并使用PRIM-ER3 Input(version 2.3.7)设计引物,随机选择三碱基、四碱基和五碱基SSR分子标记引物50对对8份宽体金线蛭DNA样品进行PCR验证,并以多态性SSR分子标记分析宽体金线蛭江苏高邮群体遗传多样性.[结果]测序拼接共得到148803个scaffolds序列,scaffold序列长度181~564229 bp,平均1544 bp,总长度230 Mb,N50为5948 bp,GC含量36.94%.宽体金线蛭基因组中三碱基重复SSR位点最多,有136890个,占总SSR位点的68.43%;其次为四碱基重复,有33769个,占总SSR位点的16.88%;六碱基、五碱基、二碱基和单碱基重复分别有11813、7110、6546和3907个,占总SSR位点的5.91%、3.55%、3.27%和1.95%.基序为AAT/ATA/TAA/ATT/TTA/TAT的SSR位点数量最多,其次为ATG/TGA/GAT/TAC/ACT/CTA、AGT/GTA/TAG/TCA/CAT/ATC和AAC/ACA/CAA/TTG/TGT/GTT,其他基序位点数量较少.有11871个SSR位点设计出引物,占总SSR位点的5.93%;选择的50对引物中有18对引物在8份宽体金线蛭DNA样品中具有多态性;群体遗传多样性检测发现宽体金线蛭江苏高邮群体18个SSR位点的平均等位基因(Na)3.81个,观测杂合度(HO)为0.0000~0.6429,平均为0.3631,期望杂合度(He)0.0701~0.7792,平均为0.4869,群体遗传多样性水平低.[结论]采用高通量测序技术开发SSR分子标记效率高,且新开发的18个宽体金线蛭SSR分子标记多态性丰富,可用于宽体金线蛭资源保护和利用.
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期刊类型引用(10)
1. 高凯利，马学艳，王海华，李涵，李燕华，金武，闻海波. 5个宽体金线蛭种群遗传多样性和遗传分化的SNP分析. 中国农学通报. 2024(29): 144-149 . 
百度学术
2. 杨尉，司圆圆，许瑞雯，陈兴汉. 基于基因组survey数据的疣吻沙蚕微卫星特征分析及多态标记开发. 南方水产科学. 2023(05): 123-133 . 百度学术
3. 张芹，王延晖，王冰柯，屈长义. 团头鲂基因组微卫星特征及SSR位点开发. 江苏农业科学. 2022(03): 79-85 . 百度学术
4. 魏朝宇，谢永广，魏秀英，罗华辉，陈敦学. 基于转录组测序的棘胸蛙SSR和SNP分子标记开发. 南方农业学报. 2022(03): 759-767 . 本站查看
5. 覃丽萍，谢玲，岑贞陆. 水稻抗细菌性条斑病主效基因位点的遗传分析及定位. 西南农业学报. 2020(01): 7-12 . 百度学术
6. 董丁健，戴习林. 罗氏沼虾不同群体世代遗传多样性的SSR分析. 南方农业学报. 2020(02): 421-428 . 本站查看
7. 黄小芳，唐章生，刘俊丹，张宏燕，钟一治，卢智发，侯树鉴，王大鹏，陆专灵. 广西不同地区克氏原螯虾群体遗传多样性微卫星分析. 南方农业学报. 2020(02): 437-444 . 本站查看
8. 耿多，罗瑞明，王丽娟，高爽，宋亚倩. 基于高通量测序技术分析3种羊肉混合基因组序列的短片段重复序列. 中国食品学报. 2020(09): 275-285 . 百度学术
9. 慎佩晶，张宇飞，李喜莲，徐洋，程海华，陈雪峰. 5个罗氏沼虾群体微卫星遗传多样性分析. 浙江农业科学. 2020(11): 2377-2381 . 百度学术
10. 赵彦花，区又君，温久福，李加儿，周慧. 基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选. 南方农业学报. 2019(09): 2078-2087 . 本站查看
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