PCR-DGGE技术在水牛瘤胃产甲烷菌多样性分析中的应用
Diversity analysis of rumen methanogens in buffalos using PCR-DGGE technique
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摘要: 目的分析水牛瘤胃产甲烷菌的多样性,为更好地了解水牛瘤胃产甲烷菌提供科学依据.方法采集16头广西本地沼泽型水牛瘤胃内容物,提取总DNA,利用产甲烷菌的通用引物扩增16S rRNA基因序列进行DGGE分析,并对DGGE凝胶上7条优势条带进行回收克隆测序.结果共获得9条序列(5条为古菌序列、4条为非古菌序列),5条古菌序列中有3条与甲烷短杆菌(Methanobrevibacter)的同源性高达99%、1条与甲烷短杆菌的同源性达98%、1条与广古菌门 ( Euryarchaeota)热原体目(Thermoplasmatales)的同源性达98%;而4条非古菌序列分别属于拟杆菌(Bacteroidetes)、厚壁菌(Firmicutes)、变形菌门 (Proteobacteria),且彼此间同源性较小.结论通过PCR-DGGE技术可以较好地分析水牛瘤胃产甲烷菌的多样性.