正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库部分EST序列的电子克隆及验证

In silico cloning of partial EST sequence from cDNA library of normal swine peripheral blood lymphocytes and its identification

摘要: 目的探讨从EST序列电子克隆全长基因序列的有效性,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供新方法.方法以正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库测序所得的EST序列作为起始材料,应用生物信息库对文库中的部分EST序列进行电子克隆,并用RT-PCR验证其准确性.结果电子克隆正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库序列,共获得20条片段重叠群( Contigs),经基因注释,证实其均得到了有效延伸,具有完整开放阅读框(ORF),其中已知的猪基因序列14条,猪新基因序列6条;从已知猪基因序列和未知猪新基因序列中各抽取1条感兴趣序列(EST contig110和ESTcontig133)进行全长cDNA预测,发现电子克隆所得序列EST contig110和EST contig133的预期扩增片段(ORF)与实际扩增片段(ORF)基本一致,核苷酸相似性在98.0%以上,氨基酸相似性在93.0%以上.而对EST contig133的ORF序列猪的60S核糖体蛋白L18a亚基)进行基本特性及结构预测,发现ORF133蛋白为非分泌型蛋白,由6个折叠和6个螺旋结构组成,含有8个不同的磷酸化位点.结论从EST序列电子克隆全长基因是可行的,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供了参考.