粳稻为背景的普通野生稻单片段代换系群体的初步构建

Preliminary development on single segment substitution lines population of common wild rice (Oryza rufipogon) based on Japonica background

摘要: 以粳稻日本晴(O.sativa L subsp.Japonica cv.Nipponbare)为受体和轮回亲本,以广西普通野生稻核心种质DPl5为供体,通过连续回交和SSR标记辅助选择的方法构建普通野生稻单片段代换系群体(Single segment substitution lines,SSSLs).用覆盖水稻全基因组的563对SSR引物检测供体(DPl5)和受体(日本晴)的多态性,从中挑选212对分布在水稻12条染色体上的多态性引物跟踪供体基因型.结果表明,在BC3F.代获得79个代换片段,这些片段基本上能相互重叠并覆盖水稻12条染色体,其中第l、第2条染色体含有的代换片段数最多,均为9个,第9、第10和第12条染色体含有的代换片段数最少且均为5个.79个代换片段长度为12.65~113.55 cM,平均长度为54.3 cM,总覆盖长度为4285.28cM,是水稻整个染色体组长度的2倍多,覆盖野生稻全基因组达98.89%.随机选取其中的6个代换株系用96个多态性引物检测其遗传背景,发现供体DNA残留率为7.3%~15.6%.今后将继续通过回交和标记辅助选择,以获得一整套覆盖普通野生稻全基因组的SSSL库,这将有助于研究稻种的起源、演变和分化以及普通野生稻的功能基因组.